“Inilah yang menjadi awal perbedaan prinsip antara Syekh Siti Jenar dan majelis Wali Songo,” tulis Rizky Kurnia Rohman dalam skripsi berjudul Sinkretisme Ajaran Islam dan Jawa pada Tokoh Syekh Siti Jenar.
Syekh Siti Jenar juga memiliki banyak pengikut dari kalangan rakyat kecil dan banyak dari kalangan bangsawan. Terlebih juga karena kebebasan politik yang diajarkannya, maka Kerajaan Demak semakin khawatir dengan pengaruh Syekh Siti Jenar kepada masyarakat.
Setelah itu tuduhan-tuduhan pun banyak diarahkan kepada Syekh Siti Jenar. Beberapa tuduhan tersebut yaitu miyak warana (membuka ilmu rahasia kepada umum secara bebas), penganut faham jabariyah, penganut ajaran sesat (pasca kematiannya) dan tuduhan mbalelo (memberontak) terhadap kerajaan Demak.
Dari bermacam-macam tuduhan itu yang mengemuka adalah tuduhan bahwa Syekh Siti Jenar mengajarkan bid’ah, tentang kesatuan wujud manusia dengan Tuhan sebagai Keberadaan Mutlak.
