Memang pada akhir abad 15 Masehi Majapahit dilanda prahara berkepanjangan. Semenjak perang paregreg pada tahun 1404 hingga perebutan tahta antara Raden Patah dengan Dyah Ranawijaya tahun 1513, kondisi Majapahit tak lagi stabil.
Negara vassal banyak yang melepaskan diri, para pedagang enggan singgah ke pelabuhan Majapahit. Mereka takut nanti akan menjadi korban perang saudara seperti peristiwa yang menimpa Laksamana Cheng Ho sewaktu berkunjung ke Jawa.
Lantas, bagaimana kondisi Candi Panataran dalam kemelut Majapahit? Bangunan suci tersebut tetap dikunjungi oleh pemeluknya. Bhujangga Manik dalam diarinya tahun 1500-an menggambarkan betapa ramainya Candi Panataran kala itu. Pengelana dari Sunda tersebut menyaksikan bangunan suci tersebut terus menerus dibanjiri peziarah yang ingin beribadah maupun menuntut ilmu.
