Secara fisik, masjid ini berdiri di atas lahan sekitar 397 meter persegi dengan bangunan tiga lantai yang mampu menampung lebih dari 600 jemaah. Selain ruang ibadah, fasilitas yang tersedia juga mencakup ruang kajian, kantor pengelola, hingga pusat kegiatan keislaman bagi diaspora.
Dalam sambutannya, Jusuf Kalla menegaskan bahwa masjid tidak hanya berfungsi sebagai tempat ibadah, tetapi juga sebagai pusat persatuan dan pendidikan umat. Ia juga menilai nilai-nilai masyarakat Jepang seperti disiplin, kebersihan, dan kerja keras sejalan dengan ajaran Islam.
