Fungsi utama pintu air ini adalah mengontrol aliran dari Kali Surabaya yang merupakan bagian dari Sungai Brantas. Debit air yang kerap meningkat, terutama saat musim hujan, menjadikan keberadaan Pintu Air Jagir sangat krusial dalam mencegah potensi banjir.
Menurut Nur Setiawan, tanpa keberadaan pintu air tersebut, Surabaya berisiko mengalami genangan, terutama saat curah hujan tinggi berbarengan dengan air laut pasang atau rob. Kondisi ini menunjukkan bahwa sistem mitigasi bencana telah diterapkan sejak masa kolonial.
