Menag Nasaruddin Umar mengatakan bahwa pesantren adalah lembaga yang murni lahir dari rahim Nusantara. Ia menambahkan fakta menunjukkan perintis dunia kependidikan yang sistematis dalam sejarah bangsa Indonesia adalah pondok pesantren. Hal ini terjadi bahkan sebelum Belanda datang ke Indonesia.
Mengutip Nurcholish Madjid, ia menyatakan bahwa seandainya Indonesia tidak dijajah Belanda, maka perguruan tinggi yang berkembang saat ini adalah Universitas Termas, Universitas Lirboyo, Universitas Tebu Ireng, dan universitas dari pesantren-pesantren lainnya. "Bukan UI, ITB, IPB, atau kampus-kampus lainnya," ujarnya
"Maka sudah saatnya sekarang ini pondok pesantren merebut masa jayanya seperti yang pernah terjadi di masa lampau. Sudah waktunya pondok pesantren ini menjadi tuan rumah di dalam rumahnya sendiri, di negeri ini," tutur Menag.
