Lebih lanjut, Abdul Mu'ti menjelaskan bahwa ada tiga tantangan utama dalam pengembangan pendidikan inklusif di Indonesia. Pertama adalah kekurangan tenaga pengajar. Kedua, belum semua anak berkebutuhan khusus dapat diterima di sekolah-sekolah inklusi karena keterbatasan daya tampung.
"Belum semua anak berkebutuhan khusus itu tertampung di sekolah-sekolah inklusi. Ini memang persoalan yang harus nanti kita perlahan-lahan coba kita selesaikan," katanya.
Tantangan ketiga, menurutnya, bersifat kultural. Masih ada sebagian orang tua yang belum siap jika anak mereka belajar di sekolah inklusi.
