Pemikiran itu diwujudkan secara konkret. KH Amal Fathullah berperan besar dalam penguatan UNIDA Gontor, mulai dari pengembangan kelembagaan hingga jejaring internasional. Di bawah inisiasinya, UNIDA menjalin kerja sama dengan berbagai institusi di Eropa, Timur Tengah, dan Asia Tenggara, sekaligus merintis proyek-proyek strategis, termasuk pendirian Fakultas Kedokteran.
Tak hanya di ranah akademik, kiprah almarhum juga kuat di tingkat kebijakan nasional. Ia dikenal sebagai salah satu tokoh penting yang konsisten memperjuangkan pengakuan negara terhadap pesantren, hingga lahirnya Undang-Undang Pesantren. Regulasi tersebut menjadi tonggak penting karena mengakui pesantren salafiyah dan khalafiyah tanpa keharusan mengikuti sistem ujian negara seperti sebelumnya.
Secara akademik, KH Amal Fathullah adalah profesor di bidang akidah dan ilmu kalam. Ia dikukuhkan sebagai guru besar pada 2014 dan menerima gelar doktor honoris causa dari Thailand. Di tingkat global, ia aktif di berbagai forum dunia Islam, termasuk Persatuan Ulama Seluruh Dunia dan Liga Universitas Islam Dunia.
