Soal klasifikasi ilmiah rusa ini sempat menjadi perdebatan karena perbedaan pendapat para ahli. Pada awalnya, rusa Bawean akan dimasukkan ke dalam genus Axis karena tidak memiliki gigi taring, tapi ada juga ahli yang berpendapat bahwa rusa ini tergolong ke dalam genus Cervus jika dilihat dari tengkoraknya.

Pada akhirnya disepakati bahwa rusa Bawean diberi nama latin Axis kuhlii berdasarkan kondisi tidak memilki gigi taring, hanya memiliki gigi tengah dengan incisor membesar, struktur tanduk mirip dengan Axis porcinus, bentuk tengkorak yang pendek dan tulang hidung yang lurus, mempunyai bulu pendek dan halus, dan kelenjar metatarsal dan pedal yang cenderung mirip dengan rusa dari genus Axis.

Ada beberapa karakteristik unik yang dimiliki rusa Bawean dan tidak ada pada jenis rusa lain di Indonesia. Salah satunya adalah ukuran tubuh yang relatif kecil. Tinggi rusa Bawean antara 60-70 cm dan panjang tubuhnya antara 105-115 cm. Rata-rata bobot tubuhnya 15-25 kg untuk rusa betina dan 19-30 kg untuk rusa jantan. Selain itu, rusa ini punya ekor sepanjang 20 cm yang berwarna cokelat-keputihan.