Secara arsitektur, candi ini berbentuk punden berundak, yakni struktur bertingkat yang menjadi ciri khas bangunan pada masa akhir Majapahit. Para arkeolog memperkirakan Candi Kethek dibangun pada abad ke-15 hingga 16, saat pengaruh Hindu di Jawa mulai meredup dan terjadi peralihan menuju era Islam.
Berbeda dengan candi megah lainnya, struktur di sini cenderung sederhana. Namun kesederhanaan itu justru menunjukkan fungsi utamanya bukan sebagai pusat kerajaan, melainkan tempat ritual spiritual yang lebih privat dan sakral.
