Dirancang dengan pendekatan menyeluruh, para santri PIII akan mempelajari kitab maktubiyah (literatur klasik) dan kitab kauniyah (ilmu-ilmu alam), serta dibekali keterampilan teknologi, kemampuan bahasa asing, dan nilai-nilai akhlakul karimah. Pesantren ini mengusung tiga fungsi utama: pendidikan, dakwah, dan pemberdayaan masyarakat.
Dirjen Pendidikan Islam, Prof. Suyitno, menegaskan bahwa kehadiran PIII merupakan bagian dari strategi nasional.
“Ini bagian dari Asta Cita dalam menciptakan SDM unggul, membangun jejaring toleransi antarumat, dan mendorong kewirausahaan santri untuk pemerataan ekonomi,” terangnya.