Wamenag menjelaskan, jika hanya berada di level direktorat (eselon II), program pesantren hanya terbatas pada aspek pendidikan. Padahal, aspek dakwah dan pemberdayaan masyarakat juga harus mendapat porsi besar di tingkat eselon I.
Selain mendorong pembentukan Ditjen Pesantren, Romo Syafi’i mengungkapkan sejumlah gagasan pengembangan kelembagaan pendidikan di Kemenag. Di antaranya pembentukan Ditjen Pendidikan Tinggi Keagamaan, Ditjen Pendidikan Dasar dan Menengah Keagamaan, Fakultas Halal Industri, hingga Program Studi Manajemen Pesantren.
