Ia menjelaskan bahwa prinsip pertama adalah isbiru, yakni kesabaran dalam menghadapi beratnya perjuangan mengelola pesantren. Prinsip kedua adalah wa shabiru, yaitu saling menguatkan, menjaga kerukunan, dan saling mengingatkan dalam kesabaran antar-kiai maupun pengelola pesantren.
“Wa shabiru, kiai satu rukun dengan kiai yang lain juga tidak mudah. Harus saling bersabar, saling mengingatkan untuk bersabar, dan saling menyayangi satu sama lain,” ujarnya.
Prinsip berikutnya adalah wa rabithu, yaitu membangun kebersamaan dan perjuangan kolektif. Menurut Gus Yahya, kemajuan pesantren tidak mungkin dicapai apabila setiap lembaga berjalan sendiri-sendiri tanpa sinergi.
“Tidak mungkin berjuang sendiri-sendiri. Maka harus wa rabithu jika ingin berjaya,” tegasnya.
