Untuk memperkuat tata kelola pesantren, Kemenag juga mengoptimalkan peran Majelis Masyayikh. Lembaga tersebut beranggotakan tokoh-tokoh pesantren yang bertugas memberikan masukan terkait pengembangan sistem pendidikan pesantren yang sehat, aman, dan sesuai dengan nilai-nilai kepesantrenan.
Majelis Masyayikh diharapkan dapat membantu merumuskan konsep ekosistem pesantren yang mampu mencegah terjadinya kekerasan seksual maupun bentuk penyimpangan lainnya.
Selain memperhatikan aspek kelembagaan, Kemenag juga menekankan pentingnya penerapan tata tertib yang berlaku bagi seluruh unsur pesantren, baik santri maupun pengasuh dan pembina.
Nasaruddin menegaskan bahwa seluruh pihak di lingkungan pesantren wajib mematuhi aturan yang berlaku serta menjunjung tinggi hukum negara, hukum syariah, dan nilai-nilai kepesantrenan.
