Mengutip Nurcholish Madjid, Menag menyebut bahwa jika Indonesia tidak dijajah Belanda, kampus-kampus besar hari ini mungkin bukan UI atau ITB, tapi justru pesantren seperti Lirboyo dan Tebuireng yang menjadi pusat keilmuan utama bangsa.
Ia menambahkan, pesantren memiliki ciri khas epistemologis yang tak dimiliki lembaga pendidikan umum.
“Di pesantren, ilmu tak hanya berasal dari akal. Ada wahyu, ilham, dan mukasyafah. Ada enam sumber ilmu, bukan satu. Ini fondasi luar biasa bagi masa depan,” jelasnya.