Korban meninggal dunia masing-masing adalah Totok Herwanto, warga Pilangkenceng, Kabupaten Madiun; Rama Zainul Fatkhur Rahman, warga Kecamatan Barat, Kabupaten Magetan; Resyka Nadya Maharani Putri, warga Kecamatan Gemarang, Kabupaten Madiun; dan Hariyono, warga Kecamatan Kartoharjo, Kabupaten Magetan.
Sementara lima korban luka-luka adalah Wendy Ardhya Novita Sari dan Oni Handoko yang dirawat di RSAU dr. Efram Harsana Magetan, Ananda Duta Pratama yang dirawat di RSUD dr. Sayidiman Magetan, Rifkiy Hermawan yang dirawat di RSUD dr. Soedono Madiun, serta Fianda Septi yang menjalani rawat jalan di Puskesmas Barat Magetan.
Kecelakaan terjadi di Jalur Perlintasan Langsung (JPL) No. 08 KM 176+586 yang merupakan jalur ganda resmi dan dijaga. Insiden bermula saat palang pintu ditutup untuk memberi jalan kepada KA Matarmaja. Setelah kereta melintas, palang dibuka. Namun, dari arah lain, KA Malioboro Ekspres datang dan menghantam tujuh sepeda motor yang sudah masuk ke lintasan.
