Usai penutupan tahap pertama, Dinas Pendidikan Jawa Timur akan membuka pendaftaran tahap kedua pada 17-18 Juni 2026.
Tahap kedua meliputi jalur afirmasi, jalur prestasi hasil lomba, dan jalur mutasi.
Untuk jenjang SMA, kuota afirmasi keluarga tidak mampu disediakan sebesar 13 persen, afirmasi anak buruh keluarga tidak mampu 5 persen, afirmasi penyandang disabilitas 5 persen, dan afirmasi nilai akademik keluarga tidak mampu sebesar 7 persen.
Sementara untuk SMK, kuota afirmasi keluarga tidak mampu sebesar 7 persen, afirmasi anak buruh keluarga tidak mampu 5 persen, dan afirmasi penyandang disabilitas sebesar 3 persen.
