Di pondok ini selain mewajibkan para santri mengikuti Madrasah, juga mengadakan pengajian kitab-kitab kuning sebagai basic penguasaan hasanah keilmuan klasik. Layaknya kebanyakan Madrasah di Indonesia, Madrasah Miftachus Sunnah juga mengajarkan beberapa disiplin ilmu ke Islaman, seperti Fiqih, tajwid, Aqidah Akhlak, Ilmu Alat (Nahwu-Sharaf), Balaghah Ushul Fiqih, Tafsir, Hadits, dan ilmu Tasawuf untuk para santri kawakan.
Seiring dengan latar belakang berdirinya, pondok yang hingga kini masih eksis dan kuat dengan metode salafiyahnya, merupakan lembaga pendidikan yang lahir, tumbuh dan berkembang di tengah-tengah masyarakat dimana salah satu tujuannya melestarikan dan mengembangkan akhlaqul karimah, dan nilai-nilai amaliah sala-fushsholeh.
Karenanya santri secara intensif dibekali dengan berbagai keilmuan yang bersumber dari para ijtihad para ulama terdahulu. Proses kegiatan belajar mengajar di ponpes ini juga menitik beratkan pada pelajaran-pelajaran Qowa’id, Shorof, dan Balaghoh. Dengan melestarikan metode bandongan, yakni ustad yang membaca sedangkan murid menyimak dan memberi syakal/harakat.
Oleh karena itu, nama pesantren Miftachus Sunnah tidak dapat dipisahkan dari sosok kharismatik KH. Miftachul Akhyar yang dipandang sebagai pesantren induk dan memberikan pengaruh luas bagi perkembangan pesantren dan kegiatan keagamaan islam lainnya di berbagai daerah.
