Tjokroaminoto wafat karena sakit seusai mengikuti Kongres SI di Banjarmasin. Ia wafat di usia 52 tahun dan diberikan gelar Pahlawan Nasional. Jasadnya dimakamkan di TMP (Taman Makam Pahlawan) Pakuncen, Yogyakarta.
Selain sebagai pahlawan nasional. Tjokro juga mengajarkan banyak hal tentang perjuangan terutama cinta terhadap tanah air.
Gagasan nasionalisme Tjokro sampai saat ini masih terus dipupuk dan tumbuh subur di setiap darah yang mengalir di tubuh masyarakat Indonesia.
