Pada usia muda, ia menimba ilmu di Makkah dan menikah dengan KH Bisri Syansuri. Sepulang ke tanah air, keduanya mendirikan Pesantren Denanyar pada 1917.
Dua tahun kemudian, langkah berani diambil. Pada 1919, Nyai Nur Khodijah menggagas pesantren khusus putri—sebuah terobosan yang saat itu dianggap tidak lazim.
“Pondok Putri Denanyar adalah satu-satunya pada masa itu,” tulis Kiai Aziz Masyhuri dalam biografi KH Bisri Syansuri, dikutip dari nuonline.