Tahun kelahirannya belum diketahui secara pasti. Demikian pula tahun wafatnya masih menjadi perdebatan di kalangan sejarawan.
Sejarawan Jakarta Alwi Shahab menyebut Syekh Junaid wafat pada 1840. Namun, budayawan Betawi Ridwan Saidi memiliki pandangan berbeda berdasarkan catatan orientalis Belanda, Snouck Hurgronje.
Dalam catatan Hurgronje yang kemudian diterbitkan dalam buku Mecca in the Latter Part of 19th Century, disebutkan bahwa Syekh Junaid telah menetap di Makkah sejak 1834 dan tinggal di kota suci tersebut selama sekitar 60 tahun.
Hurgronje bahkan pernah berusaha menemui Syekh Junaid al-Batawi ketika melakukan penelitian di Makkah. Namun, permintaan tersebut ditolak oleh sang ulama.
