Tetapi pada 1986, wacana danau di sekitar Candi Borobudur kembali mengemuka setelah adanya riset dari JJ Nossin dan Caesar Voute. Mereka menggunakan analisis geomorfologi, berdasarkan interpretasi foto udara plus observasi lapangan.
Dari hasil penelitian ini mereka menyimpulkan bahwa daratan di sekitar Borobudur memang pernah menjadi lingkungan danau. Tetapi bukan pada masa dinasti Syailendra, namun jauh saat bumi masih Zaman Kuarter yakni 600 ribu tahun lampau.
Riset ilmiah tidak berhenti di situ, geolog asal Indonesia, Helmy Murwanto, memiliki bukti dan hipotesis lain. Dengan pendekatan geologi, dirinya justru menemukan endapan batu lempung yang mengandung serbuk sari tanaman komunitas rawa.
Sedangkan berdasarkan penelitian radiokarbon C-14, dengan mengambil berbagai sampel dari areal seluas 10x8 km di sekitar Candi Borobudur, dia sampai pada kesimpulan bahwa lempung itu mengandung serbuk sari tanaman air.
