Kerajaan Mataram Islam melakukan berbagai cara untuk menjadi pusat agama Islam salah satunya dengan mendirikan rumah ibadah.

Selain itu, penerjemahan naskah Arab, penerjemahan Al-Qur'an ke dalam bahasa Jawa, serta pendirian pesantren-pesantren juga menjadi usaha yang dilakukan oleh Kerajaan Mataram Islam.

Sutawijaya memerintah kerajaan selama 26 tahun, setelahnya ia digantikan oleh Panembahan Sedo Karapyak yang memerintah mulai 1601-1613 M.

Selama pemerintahannya, ia terus melakukan ekspansi dan menaklukkan daerah-daerah pantai di sekitarnya. Namun, ia gugur dalam usahanya menyatukan Kerajaan Mataram yang kemudian dimakamkan di daerah Krapyak, Yogyakarta.