Gus Yahya menekankan, elemen batiniah sama pentingnya dengan elemen akademik. Bahkan, menurutnya, bimbingan spiritual justru bisa menjadi kunci dalam membentuk kecerdasan dan karakter santri.
Selain itu, ia juga menyoroti menurunnya tradisi ijazah sanad keilmuan, di mana proses pewarisan ilmu sering kali dilakukan secara instan tanpa pemahaman mendalam atas isi dan asal-usulnya.
“Sanad disampaikan secara cepat tanpa menelusuri dari mana ia diriwayatkan. Yang dibutuhkan sekarang adalah sanad ruhani dari guru kepada murid,” jelasnya.