Dalam proses perumusan undang-undang, terdapat sejumlah isu krusial yang menjadi arena negosiasi. Pertama, soal definisi pesantren. Kelompok kepentingan pesantren bersikeras mempertahankan ciri khas seperti pengajaran kitab kuning, tradisi salaf, serta kemandirian kelembagaan, sekaligus menolak penyamaan penuh dengan sistem pendidikan formal umum.
Kedua, perdebatan mengenai posisi kiai dan tenaga pendidik. Azhar menegaskan bahwa pengakuan terhadap ustaz dan pendidik berlatar pesantren dianggap penting untuk menjaga otentisitas keilmuan dan mencegah intervensi eksternal yang berpotensi mengikis karakter pesantren.
Ketiga, pembentukan Majelis Masyayikh sebagai lembaga otonom yang berfungsi menjaga mutu dan otoritas pendidikan pesantren. Lembaga ini diposisikan sebagai simbol pengakuan negara terhadap kewenangan internal komunitas pesantren dalam mengatur standar dan tradisi pendidikannya sendiri.
Menurut Azhar, negosiasi dalam UU Pesantren bukan sekadar persoalan teknis regulasi, tetapi mengandung visi politik pendidikan yang lebih luas. Melalui undang-undang ini, komunitas pesantren berupaya memperkuat empat pilar utama: penanaman moral dan akhlak sebagai respons atas degradasi nilai, penguatan ideologi kebangsaan berbasis Pancasila, pengarusutamaan moderasi beragama, serta rekognisi pesantren sebagai identitas khas pendidikan nasional yang setara namun berbeda dengan pendidikan umum lainnya.
