Untuk mengoptimalkan peran tersebut, Kemenag menyiapkan lima direktorat utama dalam struktur Ditjen Pesantren, yakni:
• Direktorat Pendidikan Muadalah, Diniyah Formal, dan Kajian Kitab Kuning
• Direktorat Pendidikan Ma’had Aly
• Direktorat Pendidikan Diniyah Takmiliyah dan Pendidikan Al-Qur’an
• Direktorat Pemberdayaan Pesantren
• Direktorat Pengembangan Dakwah Pesantren
Menurut Thobib, pesantren memiliki potensi besar sebagai kekuatan nasional, tidak hanya di bidang pendidikan, tetapi juga pemberdayaan ekonomi dan penguatan nilai keagamaan di masyarakat.
Ia mencontohkan keberhasilan Program Beasiswa Santri Berprestasi yang telah melahirkan lulusan dengan daya saing tinggi.
