Selain itu, A. Umar mengingatkan bahwa persoalan perizinan juga masih dihadapi sejumlah pesantren tradisional. Ia mencontohkan data Kementerian Agama Kabupaten Kebumen yang mencatat 210 pondok pesantren, tetapi baru 110 di antaranya memiliki izin operasional.
Menurutnya, sebagian pesantren yang belum berizin merupakan lembaga salaf yang tumbuh secara mandiri melalui peran kiai dan masyarakat. Karena itu, proses perizinan perlu dirancang lebih sederhana dan disertai pendampingan.
“Dari sudut manajemen pendidikan, izin pada dasarnya adalah alat penjaminan mutu, bukan alat kontrol,” tulisnya.
A. Umar menilai keberhasilan penataan pesantren seharusnya tidak hanya diukur dari jumlah lembaga yang ditertibkan, tetapi juga dari banyaknya lembaga yang berhasil masuk dalam sistem pembinaan pemerintah.
Ia mengusulkan lima langkah yang dapat ditempuh Kementerian Agama melalui Direktorat Jenderal Pesantren yang baru dibentuk pada 2026.
Pertama, pemerintah perlu memberikan kejelasan regulasi mengenai rumah tahfidz berasrama, termasuk menentukan apakah lembaga tersebut diarahkan memenuhi ketentuan pesantren atau memiliki kategori tersendiri dengan standar perlindungan anak.
Kedua, proses perizinan perlu dilakukan secara bertahap dan dipermudah. Lembaga berskala kecil dapat terlebih dahulu dicatat melalui pendataan dasar, kemudian mendapatkan pendampingan hingga memenuhi persyaratan perizinan.
Ketiga, pendataan pesantren perlu dilakukan secara bersama dengan melibatkan Kantor Wilayah Kementerian Agama, kantor Kemenag kabupaten/kota, MUI, RMI NU, Muhammadiyah, organisasi kemasyarakatan Islam, serta forum komunikasi pondok pesantren.