Operasional perusahaan kemudian diteruskan generasi ketiga yakni kelima cucu Nyonya Meneer. Namun lima bersaudara itu kurang serasi. Selanjutnya, perusahaan murni dikendalikan salah satu cucu Nyonya Meneer yaitu Charles Saerang.
Tahun 2000, PT Jamu Nyonya Meneer membuat terobosan dengan mengeluarkan produk fitofarmaka bermerek Rheumaneer untuk mengobati penyakit rematik. Fitofarmaka adalah obat-obatan dari tumbuh-tumbuhan dan lulus uji klinis
Di Indonesia hanya ada lima perusahaan yang mengeluarkan fitofarmaka. Di mana Nyonya Meneer satu-satunya perusahaan jamu, sementara sisanya adalah perusahaan farmasi.
Produk PT Nyonya Meneer sebagian besar merupakan produk untuk kepentingan wanita (80 persen). Terdapat 254 merek meliputi 120 macam produk berbentuk pil, kapsul, serbuk, dan cairan.
