Malahayati wafat pada 1615 dan dimakamkan di dekat bentengnya di Desa Lamreh, Krueng Raya. Oleh Presiden Joko Widodo, Malahayati ditetapkan sebagai Pahlawan Nasional pada 9 November 2017 berdasarkan Keputusan Presiden RI nomor 115/TK/Tahun 2017.
Selain disematkan sebagai nama salah satu kapal perang TNI-Angkatan Laut (AL), Malahayati juga dijadikan sebagai nama pelabuhan di Desa Lamreh Krueng Raya, Kecamatan Mesjid Raya, Aceh Besar. Pelabuhan Malahayati yang dimulai sejak masa Sultan Iskandar Muda, sebelum 1970 digunakan sebagai pelabuhan transit. Lalu sempat dialihfungsikan menjadi tempat persinggahan kapal dan menjadi mangkrak pascatragedi tsunami 2004. Baru pada 2007 Pelabuhan Malahayati kembali beroperasi untuk mengangkut produk ekspor asal Aceh ke kawasan Eropa dan Timur Tengah.
Pihak TNI-AL sendiri berencana mengangkat kembali kisah heroik Malahayati lewat sebuah pementasan teaterikal di Jakarta, 8-9 September 2023 nanti, sekaligus memperingati HUT TNI-AL 10 September 2023. Sejumlah nama besar di dunia seni pertunjukan dan teater turut dilibatkan seperti Jay Subiakto, sutradara Iswadi Pratama, Nyak Ina Raseuki atau dikenal sebagai Ubiet dan Marcella Zalianty. (int)