Seperti tertulis di dalam buku Wanita Utama Nusantara dalam Lintasan Sejarah, karya Ismail Sofyan disebutkan bahwa ayah Malahayati yakni Laksamana Mahmud Syah adalah Panglima Angkatan Laut Kesultanan Aceh. Malahayati adalah cicit dari Sultan Salahuddin Syah, raja kedua di Kesultanan Aceh yang memerintah pada tahun 1530 sampai 1539.
Masa remaja Malahayati dihabiskan di lingkungan istana termasuk mengikuti akademi militer matra angkatan laut kesultanan bernama Mahad Baitul Maqdis. Saat baru berusia 35 tahun atau sekitar 1585, Malahayati dipercaya menjabat Kepala Barisan Pengawal Istana Rahasia dan Panglima Protokol Pemerintah semasa Sultan Alauddin Riayat Syah al-Mukammil memerintah.
Perlawanan terhadap kolonialisme Portugis pertama kali dilakukan Malahayati lewat sebuah pertempuran di perairan Teluk Haru dekat Selat Malaka pada 1586. Suami Malahayati, Laksamana Tuanku Mahmuddin bin Said Al Latief yang juga Kepala Pengawal Sultan memimpin pertempuran. Puluhan kapal kayu Kesultanan Aceh berusaha mencegat kapal-kapal perang Portugis. Armada perang Kesultanan Aceh mampu memukul mundur Portugis, namun sayang suami Malahayati gugur dalam pertempuran tersebut.
Ia tidak dapat menerima kenyataan tersebut dan berjanji menuntut balas dan meneruskan perjuangan sang suami. Posisi mendiang Laksamana Tuanku Mahmuddin kemudian digantikan oleh Malahayati.
