Pengalaman intelektualnya semakin luas ketika ia dekat dengan KH Wahid Hasyim, tokoh nasional sekaligus Menteri Agama RI. Achmad Siddiq bahkan pernah dipercaya menjadi sekretaris pribadi Wahid Hasyim, pengalaman yang membentuk wawasan kebangsaan dan kepemimpinannya.
Dalam perjalanan organisasi, KH Achmad Siddiq kemudian dipercaya menjabat sebagai Rais Aam Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) selama dua periode. Ia pertama kali terpilih pada Muktamar NU ke-27 di Situbondo tahun 1984 dan kembali terpilih pada Muktamar ke-28 di Yogyakarta tahun 1989.
Pada masa kepemimpinannya, NU menghadapi dinamika politik nasional, terutama terkait kebijakan asas tunggal Pancasila pada era Orde Baru. Dalam situasi tersebut, KH Achmad Siddiq tampil dengan gagasan fiqih kebangsaan yang menegaskan bahwa Pancasila tidak bertentangan dengan ajaran Islam.
Menurutnya, Pancasila merupakan konsensus nasional yang lahir dari kesepakatan seluruh komponen bangsa, termasuk umat Islam. Ia menegaskan bahwa nilai-nilai Pancasila justru sejalan dengan prinsip-prinsip dasar Islam.
