Gedung Agung senpat mengalami rusak berat karena gempa bumi di Kota Yogyalarta. Pada 1869, Residen A.J.P. Hubert Desire Bosch melakukan rehabilitasi terhadap bangunan ini. Kemudian, Kantor Residen mengalami peningkatan status pada 19 Desember 1927 setelah Yogyakarta ditetapkan menjadi setingkat provinsi.
Seperti fungsi istana kepresidenan pada umumnya, Gedung Agung digunakan sebagai penerimaan tamu-tamu baik secara resmi untuk kepentingan kenegaraan atau secara tidak resmi, seperti melakukan kunjungan ke objek-objek wisata di Yogyakarta. Tak hanya itu, pada masa revolusi, Gedung Agung merupakan pusat pemerintahan Republik Indonesia.
