Gedung Agung bahkan menjadi saksi bisu perjuangan Bangsa Indonesia pada peristiwa 6 Januari 1946. Saat itu, Pemerintahan Republik Indonesia dipindahkan dari Jakarta ke Yogyakarta karena faktor keamanan, Gedung Agung pun difungsikan sebagai Istana Kepresidenan, rumah kediaman Presiden Soekarno dan keluarganya. Di tempat ini pula, Jendral Soedirman dilantik sebagai Panglima Besar TNI.
Dikuitp dari cagarbudaya.kemdikbud.go.id, di era Pemerintahan Jepang, Gedung Agung digunakan sebagai kediaman Koochi Zimmukyoku Tyookan. Kemudian, di era persiapan kemerdekaan, tepatnya pada 29 Oktober 1945, Gedung Agung berfungsi sebagai kantor Komite Nasional Indonesia. Perannya yang begitu besar, membuat Gedung Agung ini dinobatkan sebagai bangunan cagar budaya. (int)
