Situasi ini nampaknya terus berlanjut hingga Giri jatuh akibat serangan dari Sultan Agung dari Mataram Islam pada tahun 1635. Kemudian memasuki abad ke 16, perdagangan Nusantara memasuki era baru.
Di mulai dari datangnya Portugis, disusul Spanyol, Belanda, dan Inggris serta jatuhnya Malaka ke tangan Portugis (1511) menyebabkan perdagangan di Laut Jawa. termasuk Gresik menghadapi kegoncangan.
