Terkait permasalahan, Heri membeberkan beberapa yang selama ini terjadi di sektor kelautan dan perikanan. Permasalahan ini juga menjadi permasalahan dalam penyelenggaraan urusan daerah yang berpengaruh terhadap nilai perekonomian.
Yang pertama disebut Heri adalah masih rendahnya nilai tambah produksi hasil kelautan dan perikanan, lalu belum optimalnya kualitas mutu, produk, komoditas, sdm (pembudidaya ikan, nelayan, petambak garam) serta sarana prasarana kelautan dan perikanan.
"Selain itu, belum optimalnya alokasi pemilihan jenis ikan, produksi dan produktivitas perikanan budidaya dan tangkap serta masih rendahnya kesejahteraan rakyat, " bebernya.
Masih menurut Heri, permasalahan selanjutnya adalah rendahnya kapasitas pelaku usaha sektor kelautan dan perikanan. Kemudian masih rendahnya pemanfaatan dan dukungan teknologi pengolahan ikan dan belum optimalnya penanganan mutu komoditas ekspor dengan CCS (cold chain system) pengolah serta pemasar produk kelautan dan perikanan.
Masih rendahnya ketersediaan stok Sumber Daya Ikan (SDI) kualitas dan kuantitas benih dan induk, produksi benih unggul juga menjadi permasalahan selanjutnya. Kemudian belum optimalnya pengelolaan ruang laut, pesisir dan pulau-pulau kecil serta maraknya kegiatan ilegal, unreported dan unregulated fishing. Selanjutnya masih kurangnya implementasi sinergi antarsektor, antarwilayah dalam pengembangan minapolitan. Terakhir, masih belum optimalnya pelayanan pelabuhan.
