Namun sejumlah masalah dan tantangan sektor pangan juga tengah dihadapi Jawa Timur. Diantaranya akhir tahun 2024 s/d awal tahun 2025, penyakit mulut dan kuku (PMK) kembali meningkat dengan lebih dari 250 kasus/hari (sebelumnya hanya 10 kasus/hari). Dan total kebutuhan vaksin di Jatim tahun 2025 sebanyak 7,2 juta dosis setara 70-80% dari total hewan rentan.
"Ketersediaan vaksin saat ini yaitu dari bantuan kementan 12.500 dosis, belanja Pemprov Jatim 320.000 dosis yang saat ini dalam proses pembelian. Sementara rencana bantuan tambahan kementan 1,4 juta dosis. Sehingga total kekurangan vaksin 5,4 juta dosis," ungkapnya.
Kemudian prospek cuaca 2025 di Jatim diperkirakan la nina lemah hingga netral, kurangnya akses permodalan untuk petani, kurangnya regenerasi petani, perubahan iklim yang mempengaruhi cuaca dan penurunan kualitas tanah. Juga stok sumberdaya ikan yang terbatas, sarana dan prasarana pelabuhan perikanan yang belum optimal, biaya pupuk dan pakan yang tinggi.
