Pada akhir Oktober 1945, pecah pertempuran melawan Inggris di Surabaya. Sebagai Komandan Badan Keamanan Rakyat (BKR) Jawa Timur, dia mendapuk dirinya sebagai Menteri Pertahanan RI ad interim sekaligus pemimpin revolusi di Jawa Timur.
Bahkan karena itu, sempat terjadi pertengkaran mulut antara Moestopo dengan Wakil Presiden Mohammad Hatta. Untung Presiden Soekarno cepat melerai dan mengangkat Moestopo sebagai salah satu penasehat militernya.
Selama Perang Kemerdekaan (1946-1949), dirinya terbilang aktif di berbagai peperangan. Namanya cukup harum di Yogyakarta dan Jawa Barat karena inisiatifnya membentuk Pasukan Tentara Rahasia Tertinggi (Terate).
Pasukan ini dirinya ambil dari lingkungan dunia hitam seperti kaum pencoleng, perampok, dan pekerja seks komersial. Jenderal (Purn) Himawan Soetanto pernah menjadi anak buahnya dan mengenal Moestopo sebagai sosok yang nyentrik.
