Dirinya kemudian memilih meniti karir di dunia militer dan sempat belajar di Fort Benjamin Harrison di Indianapolis, Amerika Serikat. Di sana Soedjono menghabiskan waktu untuk belajar selama 10 bulan mulai tahun 1964.
Karir Soedjono kemudian terus menanjak pasca Gerakan 30 September (G30S) dan kemudian diangkat menjadi salah satu anggota dari Staf Pribadi (Spri) dari Presiden Soeharto yang dipimpin oleh Alamsyah Prawiranegara.
Menurut Michael Malley dalam jurnalnya Soedjono Hoemardani and Indonesian-Japanese Relations 1966-1974 menuturkan bahwa Soedjono bahkan ikut Adam Malik berkeliling ke Belanda, Amerika Serikat, dan Jepang pada tahun 1966.
Walau awalnya hanya menemani, tampaknya Soedjono berhasil menjadi figur penting dalam hubungan antara Jepang dan Indonesia. Dia berhasil melancarkan jalannya proyek Asahan yang diminta Kubota Yutaka, pengusaha dari Jepang.
