Bahkan salah satu julukan yang diberikan kepada Soedjono adalah Menteri Urusan Mistis. Memang bila ditilik ke belakang, hubungan antara Soeharto dengan Soedjono sudah terjalin lama dan keduanya disebut murid spiritual Soediyat Prawirokoesoemo (Romo Diyat).
Pada suatu waktu, Romo Diyat pernah berpesan kepada Soedjono agar menjaga Soeharto yang diramalkan akan menjadi orang hebat. Tetapi Soeharto sendiri mengecilkan peran dari orang kepercayaannya itu.
Dirinya membantah menjadikan Soedjono sebagai guru spiritualnya. Menurut Soeharto, ilmunya tak kalah dengan Soedjono. Selama ini dia hanya mendengar saja tanpa melaksanakan apa-apa yang disarankan Soedjono.
“Saya mendengar orang-orang mengatakan bahwa dia (Soedjono) mengetahui ilmu mistis lebih dari saya, namun Djono dulu sering sungkem ke saya. Dia menganggap saya sebagai senior yang mempunyai lebih banyak mengetahui soal mistis,” tulisnya dalam buku biografinya Soeharto: My Thoughts, Words and Deeds; An Autobiography.