Setelah wafatnya mertuanya, KH Cholil Kasingan, Bisri Mustofa melanjutkan perjuangan pendidikan pesantren. Ia kemudian mendirikan Pondok Pesantren Raudhatut Thalibin di Leteh, Rembang, yang hingga kini dikenal sebagai salah satu pesantren penting di daerah tersebut.
Selain dikenal sebagai ulama dan pengasuh pesantren, KH Bisri Mustofa juga memiliki kemampuan sastra yang kuat. Ia sering menggubah syair Arab ke dalam bahasa Jawa agar mudah dipahami masyarakat.
Beberapa syair yang dikenal luas di antaranya adalah Ngudi Susilo dan Tombo Ati, yang menjadi bagian dari tradisi keilmuan pesantren.
