Sejak kecil, ia sudah mendapatkan pendidikan agama dari para ulama. Ia belajar di Pesantren Kasingan Rembang kepada KH. Cholil Kasingan serta kepada ulama besar pesisir utara Jawa, Syekh Ma’shum Lasem.
Sanad keilmuan Kiai Bisri juga tersambung dengan jaringan ulama Nusantara, termasuk dengan KH. Hasyim Asy’ari melalui para gurunya.
Pada 1936, ia berangkat ke Mekkah untuk menunaikan haji sekaligus memperdalam ilmu agama kepada sejumlah ulama Timur Tengah. Setelah sekitar satu tahun belajar, ia kembali ke Rembang dan membantu mengajar di pesantren Kasingan.
