Sekembalinya ke Indonesia, Gus Awis aktif mengajar di berbagai perguruan tinggi Islam, di antaranya UIN Sunan Ampel Surabaya, Pascasarjana UIN Sunan Ampel, serta UIN Maulana Malik Ibrahim Malang. Selain mengajar, ia juga produktif menulis berbagai kitab berbahasa Arab di bidang tafsir, ulumul Qur’an, hadis, usul fikih, hingga balaghah.
Salah satu karya monumentalnya adalah Tafsir Hidayat Al-Quran fi Tafsir Al-Quran bi Al-Qur’an, kitab tafsir lengkap 30 juz yang disusun dalam empat jilid. Dalam karya tersebut, Gus Awis menggunakan pendekatan bayani dengan menggabungkan penjelasan Al-Qur’an, hadis, atsar sahabat, pendapat tabi’in, kaidah bahasa Arab, dan ijtihad.
Baginya, Al-Qur’an harus dipahami secara utuh dan komprehensif. Ia menilai penafsiran tidak boleh dilakukan secara parsial, melainkan harus memperhatikan hubungan antarayat, sebab turunnya ayat, hingga tujuan syariat secara menyeluruh.
Pemikiran Gus Awis juga menyentuh isu-isu kekinian. Dalam salah satu karya ilmiahnya, ia mengkaji konsep restorative justice melalui perspektif Al-Qur’an dengan mengangkat nilai ishlah dan diyat sebagai dasar teologis penyelesaian konflik yang mengedepankan perdamaian dan keadilan.
Selain menekankan pentingnya Al-Qur’an, Gus Awis juga memberikan perhatian besar terhadap hadis sebagai penjelas wahyu. Karena itu, ia menyusun kitab Majmaul Bahrain fi Ahadis At-Tafsir Min Sahihaini yang menghimpun hadis-hadis sahih sebagai rujukan dalam memahami ayat-ayat Al-Qur’an.
