Sejak saat itu, ia tak segan menghabiskan waktu malamnya untuk menelaah kitab-kitab rujukan utama bermutu tinggi, seperti Ghayah al-Wushul. Proses pembelajaran rumit inilah yang kemudian menjadi akselerasi baginya dalam memahami khazanah ushul fiqih, baik klasik maupun kontemporer.
Pengalaman tersebut kian memperkokoh kiprahnya ketika Pondok Pesantren Salafiyah Syafi'iyah Situbondo mendirikan Ma'had Aly pertama di Indonesia dengan fokus kajian Fiqh wa Ushuluhu. Kiai Afif terlibat aktif sejak awal pendirian hingga terus dipercaya mengampu materi ushul fiqih.
Mengenai amanahnya di PBNU, Kiai Afif menegaskan bahwa pengurus NU memikul tiga tanggung jawab utama dalam menjalankan organisasi sebagai jam'iyyah diniyyah ijtima'iyyah:
- Membentengi akidah Ahlussunnah wal Jama'ah An-Nahdliyyah.
- Menjaga moral (akhlaqul karimah) umat.
- Memupuk rasa nasionalisme dan kecintaan terhadap Tanah Air.
