Sejumlah lembaga pendidikan berhasil dirintis, di antaranya Universitas Hasyim Asy’ari pada 1967, Madrasatul Qur’an pada 1971, serta SMP dan SMA Wahid Hasyim pada 1975.
Langkah modernisasi tersebut menjadi bagian dari upayanya memperluas akses pendidikan bagi para santri. Salah satu kebijakan yang sempat memunculkan perdebatan adalah penerapan kelas bersama bagi santri putra dan putri.
Selain mengembangkan lembaga pendidikan, KH Yusuf Hasyim juga dikenal menerapkan kedisiplinan di lingkungan pesantren, termasuk kebijakan larangan merokok bagi santri.
Setelah lebih dari empat dekade memimpin Tebuireng, KH Yusuf Hasyim menyerahkan kepengasuhan pesantren kepada keponakannya, Salahuddin Wahid atau Gus Sholah, pada 13 April 2006.
