Tidak berselang lama, tepatnya 14 Januari 2007, KH Muhammad Yusuf Hasyim wafat di RSUD Dr Soetomo, Surabaya, dalam usia 77 tahun. Ia kemudian dimakamkan di kompleks pemakaman Pondok Pesantren Tebuireng, Jombang.
Penganugerahan gelar Pahlawan Nasional pada 2026 menjadi pengakuan negara atas perjalanan panjang pengabdian Pak Ud. Kiprahnya dalam perjuangan kemerdekaan, kehidupan kebangsaan, serta pengembangan pendidikan pesantren menjadi bagian dari warisan keteladanan yang terus dikenang. (ivan)