Dalam pelaksanaannya, sistem perlindungan santri dibangun melalui empat pilar utama, yakni kebijakan, sumber daya manusia, prosedur, dan akuntabilitas.
Keempat pilar tersebut dijalankan melalui lima mekanisme kerja. Pertama, SafeNorma, yakni penyusunan prinsip dan kerangka regulasi perlindungan santri yang berlandaskan nilai keagamaan, kepentingan terbaik anak, nondiskriminasi, serta keberpihakan kepada korban.
Kedua, SafeKader yang mengatur rekrutmen aman dan pelatihan berkala bagi pengasuh, musyrif, wali asrama, serta anggota satuan tugas perlindungan anak.
Ketiga, SafeLapor yang menyediakan saluran pengaduan internal maupun eksternal. Mekanisme ini mencakup Telepontren, web, AMAN, serta layanan SAPA 129. Laporan anonim tetap dapat ditindaklanjuti, sementara pelapor, korban, dan saksi harus mendapatkan perlindungan dari segala bentuk pembalasan.
Keempat, SafeMitra yang menghubungkan pesantren dengan jaringan Gernas RANA serta layanan penanganan, seperti fasilitas kesehatan, layanan psikologis, UPTD Perlindungan Perempuan dan Anak (PPA), hingga aparat penegak hukum.
Kelima, SafeIndeks yang menjadi instrumen pemantauan, evaluasi, dan pelaporan pelaksanaan perlindungan santri secara berjenjang hingga Kantor Kementerian Agama.
Basnang menegaskan, mekanisme penanganan internal pesantren tidak boleh menggantikan proses hukum apabila terjadi tindak pidana.
“Penanganan oleh pesantren berjalan beriringan dan tidak boleh menghambat penegakan hukum oleh aparat yang berwenang,” tegasnya.