Pada 1922, Dr. Johannes Leimena menjadi mahasiswa STOVIA. Kemudian, pada 1930 Dr. Johannes Leimena menjadi dokter di CBZ (Centrale Burgerlijke Ziekeninrichting) atau yang sekarang disebut dengan Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo (Panitia Buku Kenangan Dr. J. Leimena, 1980, hlm. 36).
Dr. Johannes Leimena pertama kali menjabat sebagai Menteri Kesehatan RI pada tahun 1946, Menteri Muda Kesehatan di bawah Menteri Kesehatan dr. Darma Setiawan pada masa kabinet Perdana Menteri Soetan Sjahrir.
Semasa Dr. Johannes Leimena menjabat sebagai Menteri Kesehatan, ia dihadapkan pada masa-masa sulit, khususnya pada bidang kesehatan di Indonesia. Ia menjabat pada era revolusi pada tahun 1945 hinggga 1949 dan menjabat kembali di tahun 1950 sampai 1957 yang dikenal dengan masa demokrasi liberal.
Adapun kesulitan-kesulitan yang dihadapi oleh dr. Johannes Leimena antara lain kekurangan tenaga kesehatan, seperti dokter, para medis, tenaga administrasi, dan lain-lain. Di samping itu, sarana dan prasarana kesehatan juga mengalami kerusakan.
