Selama berada di Prancis, Hanafi mempelajari berbagai disiplin ilmu dan metode berpikir. Di antaranya fenomenologi Edmund Husserl, pemikiran Jean Guitton, analisis kesadaran Paul Ricœur, serta pemikiran Louis Massignon.
Pada 1966, Hanafi menyelesaikan program master dan doktoralnya. Tesisnya berjudul Les Méthodes d’Exégèse: Essai sur la Science des Fondements de la Compréhension, sedangkan disertasinya berjudul L’Exégèse de la Phénoménologie: L’état actuel de la méthode phénoménologique et son application au phénomène religieux.
Karier akademiknya dimulai pada 1967 ketika ia diangkat sebagai lektor. Pada 1973, ia menjadi lektor kepala dan kemudian profesor filsafat pada 1980 di Jurusan Filsafat Universitas Kairo.
Selain mengajar di Mesir, Hanafi juga memberikan kuliah di sejumlah negara. Ia pernah mengajar di Prancis, Belgia, Temple University di Philadelphia, Amerika Serikat, Universitas Kuwait, serta Universitas Fez di Maroko.
Ia kemudian menjadi guru besar tamu di Universitas Tokyo dan Uni Emirat Arab. Hanafi juga menjadi penasihat program di Universitas PBB di Jepang.
Di luar dunia akademik, Hanafi aktif dalam sejumlah organisasi ilmiah dan kemasyarakatan. Ia pernah menjadi sekretaris umum Persatuan Masyarakat Filsafat Mesir, anggota Ikatan Penulis Asia-Afrika, anggota Gerakan Solidaritas Asia-Afrika, serta wakil presiden Persatuan Masyarakat Filsafat Arab.
Pemikirannya kemudian berkembang luas, baik di dunia Arab maupun Eropa.
