Ia juga menegaskan bahwa Islam tidak menentukan bentuk sistem negara secara baku. Al-Qur’an dan hadits, menurutnya, hanya memberikan prinsip-prinsip universal yang harus menjadi dasar dalam pengelolaan negara.
Prinsip-prinsip tersebut antara lain:
• kesetaraan
• keadilan
• musyawarah
• kebebasan
• pengawasan rakyat
Jika prinsip-prinsip ini terwujud, sebuah negara dapat dinilai sejalan dengan nilai-nilai Islam, meskipun secara formal bukan negara agama.
Kiai Afif juga memberikan pandangan penting mengenai hubungan Islam dengan Pancasila dan sistem demokrasi di Indonesia.